Sospito que donat que un cop arrencat el server mysql com a root aquest redueix els seus privilegis, prova a ficar el fitxer canvi_clau en algun lloc que es pugui llegir sense problemes per l'usuari mysql, a /tmp per exemple i assegura't que abans d'arrencar-lo no estigui funcionant ja.
Del manual de mysql tens això.
http://dev.mysq…rmissions.html