Amb la mateixa carpeta de l'instal.lador del programa que has utilitzat per instal.lar. Igual que has fet el make install, has de fer un make uninstall i procedirà a fer les mateixes pases per eliminar les llibreries instal.lades.
Quan vaig intal·lar el programa no em va generar cap fitxer uninstall. De totes maneres ho vaig intentar amb l'ordre uninstall però no em desinstal·lava el programa. Al final he optat per fer una nova instal·lació i veient per terminal les carpetes i fitxers que anava generant després els he eliminat "a maneta". Ja sé que no hauria de ser aquest el procediment però ha funcionat.